由於種種原因，目前國內仍然有很多的城市，無法直接辦理自由行入台證，也就是說想要參加台灣自由行就需要使用其他的方法。其實，其他城市的居民可以辦理到台醫學美容以及健康檢查所需要的證件，這些簽證稱之為台灣健康檢查簽證，它可以不限省份、職業、年齡，只需要7個工作日即可出證，可以在台灣停留10天左右的時間。
而商務入台證則是滿足大陸商務人士，或非自由行城市赴台有效的出行途徑之一。這種簽證分為代發邀請和自備邀請。一些機構可以代為幫找到台灣公司邀請，相當於中介的性質，大約7個工作日可以拿證。以上這兩種方法，就是比較常見的，想參加台灣自由行時辦理簽證所使用的方法。
另外，有的內地城市出發去台灣相對比較麻煩，建議可以先到沿海周邊的城市自由行玩個一兩天，再從當地出發。譬如上海自由行、廈門自由行、青島自由行等都是比較熱門的旅遊方式之一，大家如果行程上面可以安排到，那就沒有必要太趕時間，充裕一點自己還能遊玩其他城市，何樂而不為呢？
